Il Comune di S.Giustina in Colle è un centro agricolo del camposampierese che si estende nella pianura alla destra del torrente Muson dei Sass. Il capoluogo sorge tra il fiume Tergola ed il fosso Orcone. La frazione Fratte è a nord.
S'incontro per la prima volts il toponimo "Santa Giustina in Colle" (con la variante "Collo", che per secoli sarà la più frequente) in una testimonianza resa da un Pietro di Alberto in occasione di una lite tra i canonici della cattedrale di Padova e Albertino di Tergola: "...plebi de Sancta Iustina in Collo...". Non vi è dubbio che il territorio fosse già abitato in precedenza; ciò è avvalorato dalla presenza in loco del così detto "graticolato romano", vale a dire il sistema stradale creato da Ottaviano Augusto dopo la battaglia di Azio, in cui le arterie si intersecano ad angolo retto. Diversi studiosi arrivarono alla conclusione che esistesse in epoca romana una vasta colonia patavina che copriva tutto il camposampierese e quindi anche Santa Giustina in Colle.
L'origine etimologica del capoluogo è legata al nome della nobile martire padovana (secolo IV) Santa Giustina ed alla presenza di una altura formata dai ruderi di una fortificazione altomedioevale. 

Il territorio subì l’insulto delle invasioni barbariche: dapprima le incursioni dei Longobardi (569), quindi la calata degli Ungheri (899-900). Dopo il 1000, il castello venne rinforzato dai conti Tergola. L’antico agglomerato conservò fino al 1138 il titolo di “pieve”, con giurisdizione sempre più ridotta; poi, con il favore del vescovo che possedeva un castello nel vicino territorio di S. Giorgio delle Pertiche, la chiesa di quest’ultima comunità divenne “pieve” e S. Giustina in Colle una sua filiale. Nel 1258, anche Ezzelino imperversò, annettendo Fratte, Tergola (cioè S. Giustina) e la confinante località di S. Giorgio delle Pertiche.

Non si sa sotto quale data il paese fosse considerato Comune, ma è certo che ciò avvenne prima del 1223. E’ comunque sicuro che, nel 1297, Santa Giustina in Colle era retta dal prete Guglielmo, coadiuvato dal prete Enrico: nomi venuti alla cronaca ed eternati nei secoli perché ambedue non pagarono la “decima”. 

Leggendo la relazione della visita pastorale del 20 ottobre 1535, compiuta dal vescovo di Padova cardinale Nicolò Pisani, notiamo che la chiesa era provvista di tre altari e di una campana, mentre nella relazione del 13 luglio 1581, essendo rettore Francesco Mattia, gli altari erano cinque. Addirittura, nella visita apostolica del vescovo di Verona – delegato del cardinale Augusto Valier – l’edificio era definito “grande, a tre navate, con soffitto a capriate”. Disposizioni susseguenti dei vescovi di Padova, nel 1581 e 1587, fecero ridurre gli altari a tre. Dopo la visita pastorale del 1616, si ricorda un incendio sviluppatosi nella sacrestia, che distrusse ogni cosa, compresi i registri canonici.

Con i secoli, l’antica chiesa andò deteriorandosi: prima venne ricostruito il campanile (1864) in forme gotiche, come doveva essere tutto il nuovo complesso; poi – benedetta la prima pietra il 9 luglio 1893 - il sacro edificio, eretto a tempo di record in stile rinascimentale su quello più antico, del quale mantenne la forma a tre navate e l’orientamento da levante a ponente, fu inaugurato il 5 maggio 1895: all’interno vi sono cinque altari, due in marmi policromi dei Seicento, alcuni dipinti di pregio (specie la pala centrale) e l’organo “Malvestio”, con 1200 canne. Venne consacrato il 5 ottobre 1907 dal vescovo di Padova Luigi Pellizzo. Nel 1925 gli fu aggiunta l’abside ed il 9 luglio 1931 fu consacrato il nuovo altare maggiore.

A fianco della chiesa, nel 1945, sono caduti, vittime della guerra e dell’odio nazista, il parroco don Giuseppe Lago, il cappellano don Giuseppe Giacomelli ed altri 18 ostaggi, ricordati dalle foto in un breve percorso tra il verde. L’eccidio è rievocato anche nel nuovo portale bronzeo del tempio, opera dello scultore Romeo Sandrin, del luogo. 
Numerosi sono nel territorio i segni della religiosità popolare, come la chiesetta della “Madonna della Mercede” in contrada Maggion, l’oratorio dedicato a S. Francesco d’Assisi, a Tremarende, con portichetto e colonne in cotto, ed un altro intitolato a “Ognissanti” in località Fontane Bianche.